En julio de 1863, siendo presidente del Concejo Cantonal don Pedro Carbo Noboa, se fundó el Museo Industrial de Guayaquil.
El Museo Industrial tendría como meta convertirse en el lugar en que se expusiera el fruto del trabajo e intelecto de los guayaquileños, destinando para el efecto un importante espacio ubicado en los altos de la Casa del Cabildo.
Por los registros de los bienes patrimoniales con los que nació el Museo Municipal en 1908, se asume, que el Museo Industrial tendría en sus bodegas más de 2.500 piezas de todo tipo.
Su carácter fue más el de una sala de exposiciones que el de museo, llegando a jugar un importante papel en esas funciones, en especial para 1888, con la implementación en sus salas de la Exposición Nacional llevada a cabo en Guayaquil.
El 10 de agosto de 1909, y como fruto de la iniciativa de don Camilo Destruge Illinworth, surgió el Museo Municipal de Guayaquil -como evolución natural del Museo Industrial- en un chalet de la calle Villamil que pertenecía al concejal Morla.
Solo un año pasaría desde su fundación para que su director iniciara gestiones para dotar de edificio propio al museo, obteniendo el apoyo del Dr. Armando Pareja Coronel, gracias a quien pudieron solicitarse varios diseños de edificios, quedando seleccionado el del artista portugués Raúl María Pereira.
En 1916 se inauguró el nuevo palacio del Museo y Biblioteca Municipal, en la esquina formada por las calles 10 de Agosto y Pedro Carbo.
Solo veintidós años estaría en uso este magnífico palacio de madera, ya que los errores cometidos en su construcción hicieron que amenace ruina muy prematuramente, por lo que se tuvo que ordenar su demolición.
El museo fue trasladado entonces
al Palacio Municipal, manteniéndose
en este lugar por más de 30 años,
con una gran parte de sus
piezas guardadas
y sin exhibir.
En 1970 y luego de un año de gestión y construcción, se inaugura el nuevo edificio de Museo Municipal, compartiendo manzana con la Biblioteca Municipal, que ya se había inaugurado en 1958. En este lugar iría evolucionando hasta convertirse en lo que es hoy. El museo más importante del país.